Le cadre des services écosystémiques sert souvent de référence pour justifier des actions ou politiques publiques ou pour en évaluer les résultats. Cependant son approche très utilitariste, comme l’est d’ailleurs celle des solutions fondées sur la nature, peut poser questions et avoir des limites.

La modélisation biogéochimique est utilisée pour évaluer l’impact des activités agricoles et du climat sur les cycles du carbone et des nutriments des écosystèmes ainsi que les services ou di-services associés, tels que la production de biomasse, les émissions/le stockage du carbone et la rétention des nutriments. Dans une perspective d'agroécosystème, DIMIVEA s’intéresse à la caractérisation physico-chimique et biochimique des sols, à la diversité fonctionnelle des communautés végétales et microbiennes et à la définition d'indicateurs de services écosystémiques afin de mieux simuler la fourniture des services écosystémiques.

Sous l’effet de l’évolution des pratiques agricoles, du changement climatique et de l’augmentation du nombre d’apiculteurs et de ruchers, des tensions autour de ces ressources florales commencent à émerger. Longtemps considérées comme illimitées, ces ressources florales semblent être l’objet d’une certaine compétition, à la fois inter-spécifique entre abeilles sauvages et domestiques et intra-spécifique entre abeilles domestiques. Ceci amène à considérer ces ressources florales comme un bien commun à gérer collectivement, en associant non seulement les apiculteurs et les gestionnaires de la biodiversité, mais également les agriculteurs qui façonnent ces paysages et dont les pratiques influencent la disponibilité des ressources florales.

Il existe plus de 20 000 espèces d’abeilles sauvages dans le monde et près de 1000 en France qui jouent un rôle essentiel dans la pollinisation des végétaux sauvages et cultivés. Cette grande diversité d’espèces d’abeilles qui se différencient les unes des autres en termes de morphologie, de mobilité, de préférence florale, de sites de nidification et de période de vol, rassemble des pollinisateurs irremplaçables qui sont aussi aujourd’hui menacés. Pour enrayer ce phénomène, il est important d’évaluer les facteurs (pratiques agricoles, gestion des territoires etc..) ayant un impact sur la santé des abeilles domestiques (résistance au varroa par exemple) mais aussi sur l’abondance et la diversité des abeilles sauvages.

La prise en compte de continuums environnementaux et des zones d’interface pour l’étude et la gestion des écosystèmes gagne progressivement en intérêt dans les sphères scientifiques et opérationnelles. Dans ce contexte, le rôle du continuum sol-milieu aquatique dans le maintien de la biodiversité et de la fonctionnalité des milieux (fonctions et services écosystémiques) est souvent questionné. Cependant, force est de constater que ce continuum est encore très peu étudié. Ce constat s'explique notamment par le cloisonnement des recherches par type de milieu (écologues terrestres et aquatiques ne travaillent que très rarement ensemble) et par des limites scientifiques, tant d’un point de vue conceptuel que méthodologique (en particulier en termes de dispositifs expérimentaux qui intègreraient les compartiments terrestres et aquatiques).

Les eaux douces, hotspots de biodiversité et supports majeurs de services écosystémiques, sont parmi les écosystèmes les plus menacés sur Terre. Les mesures de gestion de ces écosystèmes ont classiquement été pensées à des échelles locales, sans nécessairement prendre en compte la variabilité paysagère dans les plans d’action, ce qui a souvent limité le succès de ces mesures. Aujourd’hui, notre compréhension de la façon dont la biodiversité et les services écosystémiques sont organisés dans ces environnements dynamiques a considérablement progressé, notamment grâce à l'émergence des concepts de métacommunautés et méta-systèmes, formalisant les processus et dynamiques spatio-temporelles des communautés et des écosystèmes. Or, l’apport de ces concepts dans le domaine des services écosystémiques en milieu aquatique n’a pas encore été formalisé, testé ni traduit en outils de gestion.

Nos paysages ont été et continuent d'être profondément modifiés sous l'effet des changements d'usages du sol et des pratiques de gestion, entraînant une redéfinition des relations entre la biodiversité et ces pratiques de gestion. Cependant, les leviers d'actions pour la conservation de la biodiversité sont souvent raisonnés au niveau local (site ou parcelle) en recherchant des pratiques plus respectueuses de la biodiversité. Cette vision locale n'est pas suffisante pour tenir compte de la dynamique des flux biotiques et abiotiques et des interactions entre les éléments de la mosaïque paysagère, pourtant essentiels au fonctionnement des écosystèmes. Malgré les progrès conceptuels récents de l'écologie des paysages, l'enjeu actuel demeure de passer d'une vision de gestion à l'échelle locale à une vision d'aménagement (à but de conservation) à l'échelle des paysages anthropisés.