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De nombreuses études ont montré le rôle des caractéristiques des paysages (proportion de boisements et de prairies) sur la biodiversité des agroécosystèmes et notamment sur l’abondance des tiques et la prévalence de Borrelia spp. Le projet explore donc les liens entre les surfaces de boisement et de pâture au sein de chaque fenêtre paysagère (considérées comme des facteurs environnementaux majeurs) et la biodiversité des hôtes, des vecteurs et des agents pathogènes.

Dans un contexte agricole, les Zones Tampons Humides Artificielles (ZTHA), éléments paysagers à l’interface entre parcelles et milieu aquatique, sont conçues de manière à intercepter les eaux de drainage et réduire naturellement les concentrations de pesticides circulant dans l’hydrosphère. Ces écosystèmes artificiels sont également des refuges favorables pour de nombreux taxons et contribuent au rétablissement des continuités écologiques. De par leur fonction de rétention, les ZTHA sont cependant des réservoirs potentiels de pesticides susceptibles d’avoir des effets non intentionnels sur les populations qu’elles abritent et les fonctions écologiques associées. L’impact sur la biodiversité va dépendre de dynamiques chimiques (saisonnalité des flux de pesticides en lien avec les pratiques agricoles et l’hydrologie du bassin) et écologiques (cycles de vie des espèces, stades en milieu aquatique).

L’utilisation croissante de plastiques de nature diverse conduit à l'accumulation et au stockage à long terme de microplastiques dans les sols. Des travaux récents dans la littérature montrent l’impact des microplastiques sur les organismes du sol et les conséquences sur les fonctions écologiques essentielles qu’ils assurent. Mais il s’agit encore d’approches écotoxicologiques au travers d’effets sur certains organismes pris isolément (microorganismes, micro-, macrofaune et plantes), sans aborder les questions des interactions de ces organismes entre eux. De plus dans les sols agricoles la présence de microplastiques est souvent associée à des apports via des amendements organiques. L’impact des microplastiques sur le fonctionnement biologique des sols en présence de ces matrices organiques est encore peu documenté.