ISO SGDC - Relations entre la diversité génétique et taxonomique des communautés végétales des lacs du littoral Aquitain

 Alors que la diversité taxonomique de ces communautés est bien connue, la connaissance de leur diversité génétique est pour l’instant inexistante. Améliorer cette connaissance semble cependant indispensable pour une meilleure gestion de ces écosystèmes, en particulier pour ses espèces patrimoniales.

L’analyse des relations entre diversité génétique des espèces au sein d’une communauté et diversité taxonomique des communautés (species–genetic diversity correlations) de façon conjointe permet de mieux comprendre le fonctionnement des communautés et des processus responsables de l’assemblage de ses espèces. L’étude de ces deux niveaux de diversité permet également d’évaluer si la diversité taxonomique usuellement utilisée dans les pratiques de conservation, permet de correctement prendre en compte les processus évolutifs renseignés par la diversité génétique.

Démarches

Neuf espèces appartenant aux communautés à ‘isoétides’ de cinq plans d’eau du littoral aquitain ont été échantillonnées : Lobelia dortmanna, Littorella uniflora, Baldelia ranunculoides, Myriophyllum alterniflorum, Juncus bulbosus, Schoenoplectus pungens, Eleocharis multicaulis, Phragmites australis et Chara fragifera. Au total, plus de 4000 individus ont ainsi été prélevés sur l’ensemble des plans d’eau au cours du printemps 2022 et 2023. L’identification et le développement d’une centaine de marqueurs génétiques (microsatellites) pour chacune des espèces ont été réalisés.

Résultats

Une première étude de la diversité en population a permis de valider environ une dizaine de marqueurs et de dégager des pistes pour optimiser les protocoles de génotypage. L’extraction des ADN, l’amplification des marqueurs et leur séquençage se poursuivent depuis l’automne 2023 en routine sur l’ensemble des autres échantillons. Les résultats relatifs à la diversité génétique des différentes populations sont attendus pour le printemps 2024. L’acquisition des données concernant la diversité taxonomique des communautés échantillonnées se fera au printemps-été 2024.

ISO-SGDC a permis la mise au point de marqueurs génétiques et d’un protocole permettant de les génotyper de façon très précise par séquençage haut. Un des défis a été de trouver des conditions expérimentales qui s’adaptent à la diversité des espèces végétales étudiées (difficulté de broyage selon la structure des tissus prélevés, quantité de matériel végétal prélevé minime pour les espèces protégées, structure des génomes plus ou moins complexes…).

Ce projet bénéficie d’une forte attente de la part des gestionnaires et en particulier du Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique (CBNSA) dans le cadre de l’animation et de la mise en oeuvre du plan national d’action sur ces espèces.

Participants

Structures INRAE

• UR EABX - Unité de recherche Écosystèmes aquatiques et changements globaux
• UMR BIOGECO - Biodiversité, gènes et communautés

Partenaires externes

• Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique
• SIAEBVELG - Syndicat Intercommunal d'Aménagement des Eaux du Bassin Versant et Etangs du Littoral Girondin
• Communauté de Commune des Grands lacs
• Réserve naturelle nationale de l’Étang Noir
• Association Landes Nature